- FAT32 không hỗ trợ các tính năng bảo mật như phần quyền quản lý, mã hoá.. như NTFS.
- Dung lượng quản lý của FAT32 nhỏ (~32GB)
- FAT32 có khả năng phục hồi và chịu lỗi rất kém so với NTFS.
- NTFS có khả năng truy cập và xử lý file nén ngon lành hệt như truy cập vào các file chưa nén, điều này không chỉ tiết kiệm được đĩa cứng mà còn gia tăng được tuổi thọ của đĩa cứng.
- Ngoài ra, NTFS còn có rất nhiều tiện ích tuyệt chiêu chuyên sâu khác cho giới người dùng cao cấp khác như “mount partition”, tạo “hard link” tới một file, hỗ trợ dùng RAID v.v
Sau khi chuyển sang NTFS ổ cứng vẫn hoạt động bình thường, quá trình đọc ghi file nhanh hơn FAT32